کشیدن قلیان به عنوان یک جایگزین مناسب سیگار به مردم معرفی می شود و گفته می‌شود که قلیان سالم تر از سایر دخانیات است و ضرری را متوجه آنها نمی کند. علاوه بر آن این وسیله به صورت یک تفریح و سرگرمی نیز درآمده که به راحتی در هر چایخانه، قهوه خانه و سفره خانه ای در گوشه و کنار شهرها و روستاها در دسترس همه قرار دارد. پژوهش های مختلف علمی این ادعاها را رد کرده و نشان داده که نه تنها قلیان مانند سیگار دارای مضرات فراوان است، بلکه در بعضی زمینه‌ها بسیار بیش از سیگار به سلامت انسان لطمه می زند.
قلیان یک ظرف محتوی آب است که در بالای آن محفظه کوچکی برای گذاشتن تنباکو و بر روی آن، برای زغال گذاخته پیش بینی شده است. تنباکو آرام آرام می سوزد و با مکش شخص در لوله یا شلنگی که به بالای مخزن آب وصل است، دود ضمن عبور از داخل آب، به داخل دهان قلیان کش می رسد. این نوع تولید و کشیدن دود، این شبهه را ایجاد می کند که دود با عبور از داخل آب، تصفیه می شود و مواد سمی آن در آب باقی می ماند یا کاسته می شود. همه تحقیقاتی که روی این موضوع انجام شده نشان داده که قلیان دقیقن همان عوارضی که برای سیگار ذکر می شود را داراست که از جمله آنها می توان به سرفه، خس خس سینه، گرفتگی نفس و خلاصه مشکلات این وسیله هیچ چیزی کمتر از سیگار نیست، بلکه بیشتر هم هست. از واضح ترین علل ضرر بیشتر قلیان نسبت به سیگار می توان به وجود مواد مضر تولیدی زغال -مانند مونواکسید کربن- و همچنین مدت طولانی کشیدن قلیان نسبت به سیگار اشاره نمود.
در یکی از مطالعاتی که از سوی مرکز کنترل و پیشگیری از بیماری ها در کالیفرنیا امریکا انجام شده، بیش از نصف جوانان 18 تا 30 ساله پاسخ داده اند که باور دارند قلیان صدمه ای به سلامت ایشان نمی زند، 47 درصد آنها تصور می کرده اند که آب دود قلیان را تصفیه می کند و یک سوم بر این باور بوده اند که تنباکوی میوه ای باعث سم زدایی تنباکو می شود. 16درصد نیز تصور می کرده اند که تنباکوی قلیان فاقد نیکوتین است و اعتیادآور نیست. بر اساس پژوهش های متعدد، هیچ یک از این باورها را محققین این مرکز تایید نمی کنند.
قلیان که در انگلیسی با نام های «هوکا»، «شیشه»، «واترپایت»، «هابل بابل» و «نارکیل» خوانده می شود، افزاری است برای استفاده از دود حاصل از تماس زغال گداخته با تنباکو که به این عمل «کشیدن قلیان» می‌گویند و در خاورمیانه، آسیای مرکزی و شمال آفریقا متداول است. گفته می‌شود قلیان توسط ایرانیان و هندی‌ها اختراع شده است. در فارسی آن را «قلیان»، «قالیان» و «غلیان» نوشته و گاه «نارگیلی» نیز نامیده‌اند. در افغانستان به بخش بالایی و گاه به کل مجموعه‌ی قلیان، «چلم» می‌گویند. در کشورهای عربی نیز به نام «شیشه» و «نارجیلة» و در شبه قاره هند به «حقّه» معروف است.
بر اساس برخی ادعاها، این وسیله در اصل در طب سنتی ایرانی، برای اهداف درمانی ابداع شده و به کار می‌رفته است. به عنوان مثال برای شخص بیماری که ریه اش به گرمی یا خشکی می زده، باید مرزنجوش را -به شکل تنباکوی امروزه- خیس کرده و با قلیان می کشید یا عرقیات گیاهانی چون نعنا، اکالیپتوس یا باد رنجبویه را گرم در جام ریخته و از قطعات شنگرف در حقه برای درمان عفونت ریوی بهره می‌بردند. برخی مدعی هستند که در اواخر دوران قاجار، با نفوذ بیگانگان و با هدف کسب درآمد از کشت تنباکو، این ماده سمی جایگزین جوهره قلیان و مواد اصلی رایج شده و مردم به کاربرد تنباکو در قلیان عادت داده شدند.
در شعر شاعران ایرانی نیز می توان موارد متعدد اشاره به قلیان را یافت، مانند:
آتش بيارو برسر قليان ما بنه وانگه ببين كه دود دل ماچه مي‌كند؟
در میان روایات تاریخی درباره قلیان، نوشته‌ای از تاورنیه بازرگان فرانسوی
نشان می دهد که این وسیله در قرن یازدهم رایج بوده است: "«ایرانیان تنباکو را با دستگاهی کاملن اختصاصی می‌کشند. در کوزه گلی دهان گشادی به قطر سه انگشت، تنه قلیانی از چوب یا نقره که سوراخی در وسط دارد قرار می‌دهند، و بر سر آن مقدار تنباکوی نم‌دار با کمی آتش می‌گذارند، و در زیر قلیان سوراخ ممتدی است که، در حالی که نفس را بالا می‌کشند، دود تنباکو با شدت از امتداد سوراخ پایین آمده و داخل آب که به رنگهای مختلف می آمی‌زد داخل می‌شود. این کوزه مرتباً تا نصفه آب دارد. دود که در آب است به سطح می‌آید و هنگامیکه نفس را بالا می‌کشند، از نی قلیان دود به دهان وارد می‌شود. به واسطه آبی که به قلیان می‌ریزند دود تنباکو تصفیه می‌شود و کمتر ضرر می‌رساند. والا با این همه قلیان که می‌کشند، مقاومت برای آنها غیر ممکن است. ایرانیان زن و مرد، به طوری از جوانی عادت به کشیدن تنباکو کرده‌اند، که کاسبی که باید روزی پنج شاهی خرج کند، سه شاهی آن را به مصرف تنباکو می‌رسانند. می‌گویند اگر تنباکو نمی‌داشتیم چطور ممکن بود کیف و دماغ داشته باشیم.»" او درباره زمان شاه صفی نقل کرده که "پادشاه حاکم قم را به دلیل بستن مالیات غیرقانونی بر میوه، به همراه پسرش که «قلیان چاق‌کن»پدر بود به اصفهان احضار کرد. شاه به پسر دستور می دهد که چشم پدر را در بیاورد و بعد سر او را از تن جدا کند... "
در تاریخ، همچنین روایت‌های دیگری از قلیان‌کشی وجود دارد مانند "داستان سفیر شاه سلطان حسین در پاریس که هنگام رفتن به ورسای برای ملاقات لویی چهاردهم پادشاه فرانسه قلیان کشان مسیر را طی کرد"، "کریم خان زند که در حین سرکشی ساختمان بازار وکیل شیراز در حال قلیان کشی بود و با دعای بنا، قلیان جواهرنشان خود را به او بخشید" و "فتحعلی شاه که در حین قلیان کشیدن بود و از ملک الشعرای کاشانی خواست شعر فی‌البداهه ای در مورد قلیان برایش بگوید
در تاریخ ایران حاکمان نظرات و اقدامات متفاوتی درباره قلیان داشته اند. به طور مثال برخی چون شاه عباس بزرگ به قدری با قلیان مخالفت کردند که حتی بازرگانانی خارجی را همراه تنباکو و توتون خودشان سوزاندند یا شاه صفی که در حلق بازرگان هندی سرب داغ ریخت و همین قلیان در دوران قاجار بخشی از ضرورت‌های زندگی بود و اشراف و بزرگان در خانه‌های خود انواع قلیان نگهداری می‌کردند که بعضی از آنها جواهرکاری شده بود.
برخی مولفین می گویند این اختراع ایرانیان است، زیرا نام تمام اجزا و افزار آن را در فارسی داریم: «سر» شامل «بادگیر» و «آتشدان»، «تنه» یا «میانه»، «میل‌آب»، «نی‌پیچ» یا «شلنگ» و «آب‌گیر»، «قلک» یا «کوزه». به نظر می‌رسد این وسیله از ایران به عثمانی، هند، عراق عرب و سایر نقاط رفته است. برخی دیگر عقیده دارند که واژه «قلیان» که در قرن‌های اخیر معمول شده، در واقع رسم‌الخط رایج کلمه «غلیان» با «غین» اول، از ریشه «غلی» زبان عربی است.
کوزه قلیان یا غلیان از بلور، شیشه، کریستال، سفال، فلز و یا فلز برنج و گاه از نوعی کدو تهیه می‌شده و انواع سفری از نارگیل نیز ساخته می‌شده است. «میانه قلیان» ساخت نطنز از جنس چوب گلابی و گردو مشهور بوده، «سر قلیان» مانند سر چپق یا چوپوق از گِل مخصوصی در کوزه‌گری های قم شهرت داشته، «بادگیر قلیان» را از مس، نقره و حتی طلای جواهرنشان آماده می کردند و بهترین «نی‌پیچ» که گاه تا 4متر طول داشته، توسط هنرمندان اصفهان تولید می‌شده است. اغلب اشخاص یک «سرنی‌پیچ» فلزی همراه داشتند که به نی قلیان یا نی‌پیچ می‌زدند. اغلب چای‌خانه‌ها و قهوه‌خانه‌ها مرکز تهیه تنباکو، آب کردن کوزه و آتش گذاشتن سرقلیان بوده اند.
در خانه های اشرافی، معمولن پیشخدمتی که زودتر از دیگران قلیان برای ارباب خود می برد، انعام خوبی می گرفت، لذا برخی کارگران خانه کوزه قلیان را از مس و یا ورشو می ساختند یا ته آن را با سرب پر می‌کردند که بتوانند کوزه دیگر پیشخدمت ها را بشکنند و خود در مهیاکردن خواسته صاحبکار برنده شوند! کم کم با واردشدن سیگار یا سیگارت از روسیه که به اسپانیولی به معنی لوله و به روسی پیروس نام داشت، قلیان از رونق سابق افتاد.
به گفته برخی محققین، تنباکوی قلیان از بدترین نوع برگ توتون تهیه می‌شود که دور ریز تولیدات کارخانه‌هاست و به واسطه مواد شیمیایی آن را معطر می‌کنند و در بسته بندی‌های پر زرق و برق با نام «تنباکوی میوه‌ای» در ایران و «معسل» در کشورهای عربی بفروش می‌رسانند.
از دیدگاه دین اسلام دخانیات –از جمله قلیان- حرمتی ندارد و حتی بسیاری از علما خود به استفاده از آنها عادت دارند ولی تاکنون دو مورد از تحریم دینی قلیان نیز یکی در ایران و دیگری در مالزی پیش آمده است. در سال ۱۳۰۹ هجری قمری میرزای شیرازی فتوای تحریم تنباکو را صادر کرد که تاثیر سیاسی مهمی داشت و دیگری کمیته فتوای شورای ملی امور اسلامی کشور مالزی که در تیرماه ۱۳۹۲ استفاده از قلیان را برای مسلمانان حرام اعلام کرد. عبدال شوکور حسین، رییس این کمیته گفته است: "پس از شنیدن نظرات متخصصان و کارشناسان وزارت بهداشت و بررسی شواهد علمی و پزشکی در داخل و خارج از کشور در خصوص مضرات قلیان، کمیته تصمیم گرفت تا قلیان را برای مسلمانان ممنوع کند. وی توضیح داد که استفاده از قلیان می‌تواند بر روی سلامتی فرد، رشد اقتصاد ملی و همچنین شکل‌گیری نسل‌های بعدی تاثیرات مخربی داشته باشد."
بر اساس نظر سازمان جهانی بهداشت، یک جلسه قلیان کشی معمولن بین 20 تا 80دقیقه طول می کشد و مصرف کننده قلیان در این یک جلسه، به اندازه بیشتر از 100 سیگار دود استنشاق می کند.
در کشور ما ایران، مدیر کل دفتر سلامت محیط و کار وزارت بهداشت، درمان در بهمن ماه سال گذشته اعلام نمود که "مصرف قلیان در زنان بیش از مردان است و این موجب خطر بیشتر ابتلای کودکان و نوجوانان به بیماری‌هاست." همچنین معاون وزیر بهداشت نیز مصرف قلیان را یک "مشکل جدی" اجتماعی در ایران دانسته و گفت: "امروز قلیان کشیدن در جامعه ما نوعی کلاس محسوب می‌شود. انتظار ما این است که برروی قلیان به عنوان یک ضد ارزش کار شود زیرا این موضوع سلامت مردم را به خطر انداخته و هزینه‌های زیادی را تحمیل می‌کند". همچنین متاسفانه بر اساس آمارهای اخیر وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، "مصرف قلیان در میان زنان در حال افزایش است.
ایردن، پایگاه دندانپزشکی